Vào ngày 28 tháng 9, Achillas đến tàu của Pompey cùng với Lucius Septimius, người từng là một trong những sĩ quan của Pompey, và Savius đi trên một chiếc thuyền đánh cá. Các cộng sự của Pompey đã tỏ ra nghi ngờ và khuyên Pompey nên đưa con tàu của mình trở lại vùng biển rộng ngoài tầm với của các mũi tên của người Ai Cập. Sau màn chào hỏi Lucius Septimius đâm một kiếm vào Pompey và rồi Achillas và Savius ​​đâm Pompey bằng dao găm. Những người trên tàu của Pompey có thể thấy điều này và chạy trốn. Gió thuận lợi và vì điều này người Ai Cập đã không theo đuổi họ. Đầu của Pompey bị cắt đứt và cơ thể bị ném xuống biển. Pompey đã chết sau ngày sinh nhật thứ sáu mươi của mình. Khi Caesar đến Ai Cập vài ngày sau đó, ông đã lấy làm kinh hãi. Ông quay đi với sự ghê tởm với người đàn ông đã mang đầu của Pompey đến. Đầu Pompey được đưa đến Cornelia và chôn cất tại biệt thự Alban.